В серпні 2011 року Ліверпуль придбав Коатеса в уругвайсього Насьоналя.

Себастян Коатес - вихованець молодіжної академії Насьоналя. У січні 2009 року підписав контракт з професійною командою. Досить швидко влився в основу "триколірних".

У Кубку Лібертадорес 2009 року, де Насьональ дійшов до півфіналу турніру, Коатес провів 5 матчів, в яких відзначився забитим голом. Також взяв участь в половині матчів Клаусури, і в результаті став чемпіоном Уругваю сезону 2008/2009.

Поступово став гравцем основи Насьоналя і в кінці 2009 року був удостоєний виклику в національну збірну своєї країни.

У березні 2010 був викликаний на товариський матч проти збірної Швейцарії в рамках підготовки до Чемпіонату світу 2010 року, хоча і не взяв участі в матчі.

В основному складі збірної Уругваю Себастьян дебютував 23 червня 2011. Він вийшов на заміну Маурісіо Вікторіно на 60-ій хвилині товариського матчу проти збірної Естонії, який уругвайці виграли в Монтевідео з рахунком 3:0.

На Кубку Америки 2011, чемпіоном якого став саме Уругвай, Коатес провів 4 матчі, до кінця турніру ставши гравцем основи збірної Уругваю. Був визнаний кращим молодим гравцем чемпіонату.

У серпні 2011 року з'явилися чутки про те, що Коатес може перейти в Ліверпуль. 25 серпня сам Себастьян сказав про те, що має намір перебратися в Мерсисайд, повідомивши також, що Луїс Суарес, його партнер по збірній, допоміг йому зробити такий вибір. 30 серпня Ліверпуль офіційно оголосив про те, що Коатес пройшов медогляд, отримав дозвіл на роботу і підписав довготерміновий контракт.

18 вересня 2011 року Себа дебютував за Ліверпуль в матчі проти Тоттенхема. В своєму першому сезоні за мерсисайдців Коатес провів 12 матчів, в яких відзначився 1 голом, неймовірним за красотою у ворота КПР. Після подачі кутового Себа в падінні, ножицями, стоячи спиною до воріт увігнав м'яч в сітку. Також він разом з командою став володарем Кубка Ліги.