Натаніель Клайн переїхав на Енфілд з Саутгемптона, де провів три успішних сезони, і завоював місце в складі національної збірної.

Талант Клайна було розкрито в Академії "Afewee", організації некомерційного спрямування, що через спорт гартувала місцеву молодь.

Звідти, зовсім юного Натаніеля вихопив Крістал Пелас, де він провів наступні 13 років, досягнувши професійного дебюту.

За першу команду Орлів Клайн дебютував у віці 17 років. Пелас переміг Бернслі 3:0, а Натаніель зіграв весь матч.

Згодом, Клайну запропонували професійний контракт, тоді ж він міцно осів у першій команді Пеласа.

У 2009 році прийшов успіх на міжнародній арені, коли Натаніель отрмимав виклик до збірної U-19, на Чемпіонат Європи у Франції. Англія поступилася Іспанії у півфіналі, а юний Клайн своєю грою вразив усіх.

У сезоні 2010-11 Натаніель зіграв 46 матчів за першу команду Орлів, здобувши нагороду Кращого Молодого гравця року. А за підсумками останнього сезону на Селхерст Парк, був включений у символічну збірну Чемпіоншипу.

У 2012 році Клайн перебрався у Саутгемптон, де провів три успішних сезони, і став першим номером на позиції правого захисника національної збірної Англії.

Влітку 2015, Ліверпуль розпрощався з Гленом Джонсоном, на місце якого прийшов Натаніель Клайн, підписавши к Червоними довготерміновий контракт.