Даніель Аггер розпочав футбольну кар'єру в клубі Брондбю, під наглядом капітана команди Пера Нільсена Дані швидко перетворився в одного з найперспективніших захисників Данії.

У 2004 році Аггер став володарем титулу "Найкращого молодого футболіста в Данії", те саме досягнення він здобув і у 2005.

Вже в дебютному сезоні за Брондбю гравець був переможцем Кубка і чемпіоном Данії. В червні 2005 року, Дані зіграв свій перший матч у складі збірної Данії проти Фінляндії. Через декілька місяців він засвітився в матчі з Англією, коли повністю перекрив повітря Уейну Руні, а згодом в зустрічі з Грузією забив перший гол за національну збірну.

Переїзд закордон був неминучим для Дані. У січні 2006 року він перебрався до Ліверпуля.

1 лютого Аггер дебютував за "Червоних", вийшовши на поле в матчі з Бірмінгемом. В основному того року він грав виходячи з лави запасних.

В сезоні 2006-2007 Дані пробився в основний склад, і у вересні став "Гравцем місяця". Пізніше відзначився прекрасним голом з 35-ти метрів, який в кінці сезону було визнано "Найкращим голом Ліверпуля".

Справжнім тріумфом для Аггера став матч півфіналу Ліги Чемпіонів проти Челсі, в якому він відзначився голом і допоміг Ліверпулю пробитися у фінал, де "Червоні" поступилися Мілану 2:1. В тому фіналі Дані відіграв всі 90 хвилин.

В сезоні 2007-2008 його було обрано "Футболістом року в Данії".

У наступних сезонах Аггера почали переслідувати травми, що ставило під загрозу його кар'єру в Мерсисайді. У 2010 році, він разом із збірною зіграв на Чемпіонаті світу.

Тріумфальним для гравця став сезон 2011-2012. В тому сезоні, на радість уболівальників Аггер став постійним гравцем основи, і виграв з командою Кубок Ліги.

Після того, Дані вже в якості капітана збірної зіграв на Євро-2012, де його команда покинула турнір вже на стадії групового етапу.

З приходом на тренерський мчсток Брендана Роджерса Аггер став основним захисником Ліверпуля. В жовтні 2012 року Дані підписав новий контракт з "Червоними". А через чотири місяці зіграв свій 200 матч за клуб. В сезоні 2012/2013 Аггер зіграв більше 40 матчів у всіх турнірах.

Численні травми не дозволили Даніелю повноцінно виступати за основну команду. Літом 2013 його було призначено віце-капітаном команди, і тут Аггер вчергове проявив свою відданість Ліверпулю, відхиливши спокусливі пропозиції Барселони та Манчестер Сіті. Незважаючи на покупку Сахо, Аггер не покинув Ліверпуль і продовжував боротися за місце в основі, а разом з цим з травмами. Літом 2014 Ліверпуль придбав Деяна Ловрена, цей хід означав, що кар'єра вікінга у Ліверпулі наблизилася до завершення. Даніель написав зворушливе послання уболівальникам Ліверпуля і повернувся у свій перший клуб - Брондбю, оголосивши про те, що він дотримується слова і ніколи не проміняє "Червоних" на інший клуб крім свого рідного.